Санкт-Петербург является морской столицей России. Здесь располагаются учреждения РАН, промышленности, ВМФ и ВУЗы, обеспечивающие морскую деятельность страны. Это послужило основой для создания в 1996 г. Научного совета по проблемам фундаментальной и прикладной гидрофизики при Санкт-Петербургском научном центре РАН. Деятельность совета была нацелена на объединение усилий Санкт-Петербургских организаций при решении научных задач в области гидрофизики, важных в том числе и для ВМФ России. Под эгидой совета проводились и проводятся научно-технические конференции «Прикладные технологии гидроакустики и гидрофизики». Участники конференции 2006 г. поддержали инициативу Совета о создании гидрофизического журнала, на страницах которого обсуждались бы научные основы и прикладные аспекты морской деятельности на Северо-Западе РФ и в России в целом.
Первый выпуск журнала (до 2010 г. сборник научных трудов) вышел в свет в июне 2008 г. Этому предшествовала большая работа по созданию редсовета и редколлегии, формированию тематики, сбору информации по возможным авторам и профильным организациям. Активное участие в этой работе приняли Наталья Евгеньевна Покровская (заведующая редакцией), Наталия Алексеевна Серебрянская (ответственный секретарь), Нелли Александровна Калинина (редактор). Вместе с главным редактором они вдохнули жизнь в издание журнала. Важной вехой в истории развития журнала явилось его включение в перечень ВАК в 2010 г. Благодаря тщательному отбору рукописей для публикаций, чему в немалой степени содействовала практика двойного слепого рецензирования рукописи двумя экспертами, значимость публикаций и цитируемость журнала со временем росла. В 2013 г. наряду с Санкт-Петербургским научным центром РАН в состав учредителей журнала вошла Российская Академия наук, журнал стал – академическим. В последующие годы редколлегией журнала проводилась работа по актуализации тематики, составу редколлегии, базе рецензентов, изданию и популяризации журнала. В результате была достигнута следующая веха в развитии журнала: с 2017 г. он индексируется в базе Scopus.
В настоящие время большой вклад в развитие журнала вносят заместитель главного редактора Владимир Алексеевич Рябченко, ответственный секретарь Екатерина Владимировна Софьина, редактор Ася Викторовна Сторожевых и сотрудник редакции Наталья Васильевна Башмакова.
